Giao dịch giữa các thành viên trong cùng một tập đoàn đa quốc gia — mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, trả phí bản quyền, cho vay, phân bổ chi phí quản lý — luôn là trọng tâm kiểm tra của cơ quan thuế Việt Nam. Bài viết này tóm lược những quy tắc mà một doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài phải áp dụng cho giao dịch liên kết, cùng những hồ sơ phải có sẵn khi cơ quan thuế yêu cầu.
Cơ sở pháp lý
Văn bản trung tâm hiện nay là Nghị định 255/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, hiệu lực từ 01/7/2026 và áp dụng từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2026. Nghị định này thay thế Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Nghị định 20/2025/NĐ-CP; hai văn bản cũ chỉ còn ý nghĩa khi xem xét các kỳ tính thuế trước đó. Nghị định được ban hành trên nền Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp — hiện là Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15, hiệu lực từ 01/10/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025.
Nguyên tắc cốt lõi là nguyên tắc giao dịch độc lập: giá của giao dịch liên kết phải tương đương với giá mà các bên độc lập thỏa thuận trong điều kiện so sánh được. Nếu không, cơ quan thuế có quyền xác định lại giá và điều chỉnh thu nhập chịu thuế. Một điểm người làm nghề luôn nhấn mạnh với khách hàng: cơ quan thuế xét theo bản chất giao dịch, không chỉ theo câu chữ trong hợp đồng nội bộ.
Khi nào hai doanh nghiệp là bên liên kết?
Nghị định 255/2026 (kế thừa Nghị định 132/2020) liệt kê nhiều trường hợp. Hay gặp nhất là: một bên nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp từ 25% vốn chủ sở hữu của bên kia; hai bên cùng chịu sự kiểm soát của một bên thứ ba; hai bên có chung thành viên điều hành chủ chốt; hoặc có quan hệ phụ thuộc về vốn vay, bảo lãnh, quản lý theo các ngưỡng nghị định quy định.
Từ Nghị định 20/2025 (nay được Nghị định 255/2026 kế thừa) đã gỡ một vướng mắc kéo dài: khoản vay trực tiếp từ ngân hàng, tổ chức tín dụng mà tổ chức đó không tham gia điều hành, kiểm soát, góp vốn hay đầu tư vào doanh nghiệp đi vay thì không còn bị coi là quan hệ liên kết chỉ vì khoản vay. Hệ quả thực tế là nhiều doanh nghiệp vay ngân hàng thông thường không còn bị kéo vào trần lãi vay 30%. Dù vậy, khoản vay có bảo lãnh của công ty mẹ hay khoản vay qua trung gian trong tập đoàn vẫn cần xem xét kỹ.
Phương pháp xác định giá và khoảng giá trị độc lập
Nghị định thừa nhận các phương pháp: so sánh giá giao dịch độc lập, giá bán lại, giá vốn cộng lãi, so sánh lợi nhuận và phân bổ lợi nhuận. Doanh nghiệp chọn phương pháp phù hợp nhất dựa trên phân tích chức năng, tài sản và rủi ro của từng bên, rồi đối chiếu kết quả với khoảng giá trị giao dịch độc lập chuẩn được xây dựng từ các đối tượng so sánh độc lập. Khi kết quả rơi ra ngoài khoảng này, cơ quan thuế thường điều chỉnh về giá trị trung vị — đó là lý do một chênh lệch nhỏ cũng có thể dẫn đến khoản thuế truy thu lớn.
Lỗi thường gặp ở khâu này là chọn đối tượng so sánh không tương đồng về chức năng (ví dụ lấy công ty phân phối có hoạt động marketing đầy đủ để so với một công ty chỉ bán hàng theo chỉ định của tập đoàn), hoặc dùng dữ liệu so sánh đã cũ nhiều năm.
Hồ sơ xác định giá và nghĩa vụ kê khai
Mọi doanh nghiệp có giao dịch liên kết đều phải kê khai thông tin quan hệ và giao dịch liên kết theo mẫu phụ lục ban hành kèm nghị định về giao dịch liên kết, nộp cùng hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. Ngoài ra, doanh nghiệp phải lập và lưu giữ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết gồm hồ sơ quốc gia (Local File) và hồ sơ toàn cầu (Master File) trước thời hạn quyết toán thuế. Nếu công ty mẹ tối cao có tổng doanh thu hợp nhất toàn cầu từ 750 triệu EUR trở lên (ngưỡng theo chuẩn OECD áp dụng từ Nghị định 255/2026), phải có thêm báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (Country-by-Country Report).
Khi cơ quan thuế yêu cầu, thời hạn cung cấp hồ sơ xác định giá là không quá 30 ngày làm việc kể từ ngày nhận văn bản yêu cầu, gia hạn một lần không quá 15 ngày làm việc nếu có lý do chính đáng. Vì vậy hồ sơ phải có sẵn, không thể đợi có quyết định kiểm tra rồi mới bắt tay vào làm.
Nghị định cho phép miễn lập hồ sơ (nhưng không miễn kê khai) trong một số trường hợp: doanh nghiệp có doanh thu và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới ngưỡng quy định; doanh nghiệp đã ký thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá (APA) và nộp báo cáo thường niên; doanh nghiệp có doanh thu dưới 500 tỷ đồng (Nghị định 255/2026 nâng từ mức 200 tỷ đồng trước đây), không phát sinh doanh thu, chi phí từ khai thác tài sản vô hình và đạt tỷ suất lợi nhuận thuần trước lãi vay và thuế trên doanh thu tối thiểu: phân phối 5%, sản xuất 10%, gia công 15%. Các ngưỡng này cụ thể và có thể thay đổi, nên mỗi năm cần kiểm tra lại điều kiện miễn trước khi quyết định không lập hồ sơ.
Trần chi phí lãi vay 30% EBITDA
Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, tổng chi phí lãi vay (sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay) được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp không vượt quá 30% tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng chi phí lãi vay và chi phí khấu hao trong kỳ. Phần vượt trần được chuyển sang kỳ sau, tối đa 5 năm liên tục. Tập đoàn cấp vốn cho công ty con tại Việt Nam bằng khoản vay nội bộ nên mô phỏng trần này trước khi quyết định giữa vay và tăng vốn góp — đây là quyết định cấu trúc, làm sai từ đầu thì khó sửa.
Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá (APA)
Với giao dịch lớn, lặp lại nhiều năm, doanh nghiệp có thể đề nghị ký APA đơn phương, song phương hoặc đa phương theo Luật Quản lý thuế và văn bản hướng dẫn. APA đem lại sự chắc chắn về phương pháp tính giá trong một số năm, đổi lại là quá trình chuẩn bị và đàm phán kéo dài, đòi hỏi số liệu và phân tích rất chi tiết.
Rủi ro pháp lý thường gặp
- Doanh nghiệp tại Việt Nam chỉ làm chức năng đơn giản nhưng lỗ nhiều năm liền trong khi tập đoàn vẫn tăng trưởng — đây là dấu hiệu cơ quan thuế chú ý đầu tiên.
- Phí quản lý, phí dịch vụ nội bộ, phí bản quyền không chứng minh được lợi ích thực nhận (không có báo cáo, email, biên bản làm việc thể hiện dịch vụ đã cung cấp).
- Hồ sơ xác định giá không thống nhất với phụ lục kê khai, hoặc chỉ là bản dịch hồ sơ của tập đoàn không phản ánh thực tế tại Việt Nam.
- Hợp đồng nội bộ không cập nhật khi mô hình kinh doanh thay đổi.
Hậu quả của việc bị điều chỉnh giá là thuế truy thu, tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế; với tập đoàn có nhiều năm chưa quyết toán, con số có thể rất đáng kể.
Lời khuyên thực tế
Rà soát hợp đồng nội bộ để chắc chắn chúng phản ánh đúng chức năng, rủi ro thực tế của công ty tại Việt Nam; cập nhật dữ liệu so sánh định kỳ; lưu bằng chứng dịch vụ và lợi ích nhận được cho từng khoản phí nội bộ. Quý Khách nên mời luật sư và chuyên gia thuế tham gia ngay khi thiết lập dòng giao dịch mới trong tập đoàn, thay vì đợi đến khi có quyết định thanh tra, kiểm tra.
Hỏi đáp nhanh
Khi nào hai công ty được coi là bên liên kết?
Theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP (thay Nghị định 132/2020 từ 01/7/2026), các trường hợp hay gặp là một bên nắm trực tiếp hoặc gián tiếp từ 25% vốn chủ sở hữu của bên kia, hai bên cùng chịu sự kiểm soát của một bên, hoặc có quan hệ phụ thuộc về vốn vay, quản lý theo ngưỡng nghị định quy định.
Vay ngân hàng có bị coi là giao dịch liên kết không?
Từ 27/3/2025 (Nghị định 20/2025/NĐ-CP, nay kế thừa tại Nghị định 255/2026), khoản vay trực tiếp từ ngân hàng, tổ chức tín dụng không tham gia điều hành, kiểm soát hay góp vốn vào doanh nghiệp đi vay không còn bị coi là quan hệ liên kết chỉ vì khoản vay.
Mọi doanh nghiệp có giao dịch liên kết đều phải lập Local File, Master File?
Không. Mọi doanh nghiệp có giao dịch liên kết đều phải kê khai, nhưng một số doanh nghiệp quy mô nhỏ, có APA, hoặc có doanh thu dưới 500 tỷ đồng và đạt tỷ suất lợi nhuận tối thiểu (phân phối 5%, sản xuất 10%, gia công 15%) được miễn lập hồ sơ xác định giá.
Chi phí lãi vay được trừ tối đa bao nhiêu?
Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, tổng chi phí lãi vay thuần được trừ không vượt quá 30% của lợi nhuận thuần cộng chi phí lãi vay và khấu hao; phần vượt được chuyển sang kỳ sau, tối đa 5 năm.
Lưu ý: Bài viết tổng hợp quy định đang có hiệu lực tại thời điểm đăng và chỉ mang tính tham khảo, không thay thế ý kiến pháp lý cho một vụ việc cụ thể. Văn bản pháp luật có thể được sửa đổi; vui lòng đối chiếu bản mới nhất hoặc trao đổi với luật sư trước khi quyết định.